شامل کتابهایی است که برای استفاده یا ارجاع به بخش خاصی از اطلاعات نوشته می شوند. به طور معمول این نوع کتابها به طور کامل خوانده نمی شوند و قابل امانت نیستند و برای استفاده در محل کتابخانه مرکزی مجاز می باشند. انواع کتابهای مرجع : اطلس ها ، واژه نامه ها ، دایره المعارف ها ، کتابشناسی ها ، زندگی نامه ها ، منابع مرجع فوری شامل سالنامه ها ، دستنامه ها و منابع مرجع جغرافیایی.

بخش مرجع کتابخانه ، با هدف ارائه خدمت در راستای مرتفع نمودن نیازهای اطلاعاتی مرجع کاربران، با مجموعه ای متشکل از بیش از   3000 منبع مرجع عمومی و تخصصی علوم پزشکی و دارویی  در خدمت کاربران می باشد. این بخش مطابق برنامه کاری بخش امانت، از ساعت 8 صبح لغایت 14 در روزهای شنبه تا چهارشنبه آماده ارائه خدمت به کاربران می باشد.