نمایه سازی پایان نامه ها و طرح های تحقیقاتی به عنوان یکی از فرایندهای تخصصی رشته کتابداری و اطلاع رسانی تنها در معدودی از دانشگاه های کشور و از جمله دانشکده پزشکی شهید بابایی قزوین انجام می شود. در بخش نمايه سازي فعاليت هاي تخصصي فهرست نويسي توصيفي و نمايه سازي به زبان كنترل شده توسط كتابداران متخصص انجام مي شود.
این بخش وظیفه گردآوری ، سازماندهی و آماده سازی  پايان نامه های تحصيلی  فارغ التحصیلان رشته های دکترای تخصصی و فوق تخصصی پزشکی و PhD و دوره های عمومی پزشکی و کارشناسی  ارشد علوم پایه را برعهده دارد و کلیه فارغ التحصیلان فوق موظف به تحویل یک نسخه طرح پژوهشی / پایان نامه خود  به این بخش می باشند

کليه پايان نامه ها (CD) آن - با فرمتpdf  ,WORD دريافت می شود و به کاربرگه مربوطه الصاق میشود که بعد ها از طریق پورتال دیجیتال قابل نمایش خواهد بود.

پس از نمایه سازی و ورود اطلاعات در نرم افزار کتابخانه ای فرمت چاپی و CD آن جهت فایل در قفسه مخصوص پایان نامه ها ارسال می گردد.

اطلاعات توصیفی و تحلیلی این منابع در نرم افزار آذرخش ورود اطلاعات می شود سپس عملیات آماده سازی جهت نگهداری و ارائه خدمات به متقاضيان به مخزن  کتابخانه ارسال می شود.